Nyere Tid og Verdens Kulturer rummer tre hovedsamlinger, og enheden er organiseret i faglige miljøer omkring disse:

Danmarks Nyere Tids samling beskæftiger sig med danskernes historie fra 1660 til i dag, herunder også i de tidligere danske områder Skåne, Halland, Blekinge, Sydslesvig, Holsten, Norge og Island. Endvidere Færøerne, Grønland og den tidligere danske koloni Dansk Vestindien.

Etnografisk Samling har, sammen med Antiksamlingen, ansvar for Nationalmuseets etnografiske og arkæologiske samlinger fra alle ikke-europæiske kulturområder samt alle arktiske folk fra oldtid til vore dage.

Musikmuseets samling omfatter musikinstrumenter fra Europa, Asien og Afrika fra 1500-tallet og frem til vor tid. Museets samlinger bringer den levende musik ind i en kulturhistorisk sammenhæng.